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  • 国内刊号:CN 32-1115/S
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    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
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杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析

【期刊年份】2018年第02期
【作者姓名】石生林  张莹  周敬林  刘彦群  秦利
【作者单位】沈阳农业大学生物科学技术学院,辽宁省昆虫资源工程技术研究中心

摘要  为阐明杆状病毒几丁质酶基因(v-ChiA)密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-ChiA与昆虫几丁质酶基因(Chi-h)、沙雷氏菌几丁质酶基因(ChiA)以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran基因为代表的基因组(表示为lef8-lef9-pg)的密码子使用模式。结果表明,杆状病毒v-ChiA与昆虫Chi-h的GC含量、GC3s含量、有效密码子数(ENc)及与沙雷氏菌ChiA的GC含量均无统计学差异(P>0.05);与杆状病毒lef8-lef9-pg的GC含量、GC3s含量、ENc值以及沙雷氏菌ChiA的GC3s含量、ENc值均有统计学差异(P<0.05)。杆状病毒v-ChiA与lef8-lef9-pg、昆虫Chi- h和沙雷氏菌ChiA的同义密码子使用均高度相似(相似性系数分别为0.992、0.870、0.862)。选择与突变共同影响杆状病毒v-ChiA和lef8-lef9-pg的密码子使用,而昆虫Chi-h和沙雷氏菌ChiA的密码子使用完全由选择所影响。综上所述,杆状病毒v-ChiA的碱基组成及密码子偏好性与昆虫Chi-h相似,与lef8-lef9-pg不同;密码子使用的影响因素与lef8-lef9-pg相似,与昆虫Chi-h和沙雷氏菌ChiA不同。上述结果从密码子使用角度证实了杆状病毒v-ChiA来源于昆虫Chi-h的水平转移。

关键词  杆状病毒; 几丁质酶基因; 基因水平转移; 密码子使用模式