摘要  依据基因组中的单核苷酸多态性（SNPs）位点对不同来源家蚕核型多角体病毒（BmNPV）进行地理株系溯源，有利于BmNPV的分子流行病学研究以及对病害流行的预防性控制。采用霰弹法对BmNPV重庆分离株CQ1进行全基因组测序，获得了1 052条reads序列，测序深度为3.5倍，覆盖基因组95%以上的区域。采用生物信息学方法,将这些序列与BmNPV日本分离株T3的基因组序列进行比对分析，在2个株系间共鉴定获得400个候选SNPs。与T3株基因组唯一位点匹配的386个SNPs中，有77%的SNPs属于转换，23%的SNPs属于颠换；15个SNPs位于基因间区，其余都分布在基因编码区；115个非同义SNPs（cSNPs）分布于67个基因的编码序列中，其中11个基因有至少3个非同义SNPs，例如CQ1分离株的非必需基因orf74有5个非同义SNPs。结构预测显示，CQ1分离株的几丁质酶基因中3个非同义SNPs引起变化的氨基酸位点均位于几丁质酶的三维结构表面。研究结果表明，BmNPV CQ1和BmNPV T3株系之间存在丰富的单核苷酸多态性。

关键词  家蚕核型多角体病毒； CQ1分离株； T3株； 单核苷酸多态性