联系平台
  • 国内刊号:CN 32-1115/S
  • 国际刊号:ISSN 0257-4799
  • 主管部门:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会
    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
  • 地址:江苏省镇江市丹徒区长晖路
    666号 江苏科技大学期刊社
  • 邮政编码:212100
  • 电话:0511-85616835
  • 信箱:canyekexue@126.com
  • Q Q:849229965

基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

【期刊年份】2015年第01期
【作者姓名】姚刘慧 唐翠明 戴凡炜 王振江 罗国庆
【作者单位】广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所;江苏科技大学

摘要  以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的 SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%10%10%22%KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。

关键词  桑树; 转录组测序;  分子标记; 简单重复序列