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  • 国内刊号:CN 32-1115/S
  • 国际刊号:ISSN 0257-4799
  • 主管部门:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会
    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
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柞蚕核型多角体病毒内源性非编码小RNA成熟体MD5作用的宿主靶基因及功能预测

【期刊年份】2015年第01期
【作者姓名】宋丽新 刘丹梅 李文利
【作者单位】大连理工大学生命科学与技术学院;辽东学院农学院;大连理工大学生命与医药学院

摘要  研究病毒内源性非编码小RNAVmiRNA)的靶标基因,有助于阐释病毒和宿主的互作关系及制定对病毒的防控策略。利用Solexa高通量测序技术及生物信息学方法,从柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)基因组中筛选出VmiRNA成熟体MD5,在预测其作用的宿主靶基因基础上,通过GO数据库分析靶基因的功能。结果显示由ApNPVVmiRNA MD5调控的宿主靶基因涉及细胞组成、分子功能、生物学过程等生物学途径,主要参与细胞内的分子结合、酶催化和免疫反应,其中与柞蚕免疫相关的靶基因共有4个。实时荧光定量PCR检测柞蚕蛹经ApNPV诱导处理后VmiRNA MD5在脂肪体内明显上调表达(与对照相比提高了8倍),而与宿主免疫相关的3个靶基因的表达水平明显下调。对VmiRNA MD5 5′端上游启动子序列结构的分析显示,其含有免疫相关转录因子GMCSFp53等的结合位点。推测VmiRNA MD5可能参与调控宿主柞蚕免疫相关基因的表达。

关键词  柞蚕核型多角体病毒; 内源性非编码小RNA 生物信息学; 靶基因; 启动子