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  • 国内刊号:CN 32-1115/S
  • 国际刊号:ISSN 0257-4799
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  • 主办单位:中国蚕学会
    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
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家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析

【期刊年份】2014年第02期
【作者姓名】"查幸福
【作者单位】家蚕基因组生物学国家重点实验室,农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室,西南大学生物技术学院

摘要  启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GCAT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA(TATA-box)、起始子(Inr)CAAT(CAAT-box)GC(GC-box)等元件分别在256453200334个启动子中被鉴定出,前3种元件集中分布于启动子-500~200 bp区间,第4种元件主要分布在-1 600~-300 bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子。顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif),其中3motif在精巢偏向表达启动子中的出现频率显著高于对照组,暗示这3motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。

关键词  家蚕基因组;启动子;结构特征;精巢偏向表达;顺式元件