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  • 国内刊号:CN 32-1115/S
  • 国际刊号:ISSN 0257-4799
  • 主管部门:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会
    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
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从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析

【期刊年份】2014年第01期
【作者姓名】刘铁 许金山 李田 潘国庆 何强 李学燕 周泽扬
【作者单位】家蚕基因组生物学国家重点实验室;西南大学数学与统计学院;重庆师范大学生命科学学院;遗传资源与进化国家

摘要  微型反向重复转座元件(MITEs)是一种非自主性DNA类转座子。从四川省雅安市野外的金凤蝶(Papilio machaon Linnaeus)中分离到一株微孢子虫,简称PM-1。采用生物信息学分析方法,利用MITEHunter软件在PM-1基因组中鉴定出 21 个MITEs家族,命名为NpmME1~NpmME21。其中有5个家族属于Stowaway-like类,1个家族属于Tourist-like类,2个家族属于Pegasus-like类,其余13个家族为新家族。比较家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)已鉴定的MITEs转座子,发现PM-1分离株的NpmME20与家蚕微孢子虫的NbME1属于同一家族,且在家蚕微孢子虫基因组中的拷贝数是PM-1分离株基因组中的30倍,表明该MITEs家族从2种微孢子虫共同祖先分化后,在家蚕微孢子虫基因组中经历了爆发式的扩增。对PM-1分离株NpmMEs各家族内拷贝序列两两间遗传距离的分析显示,NpmME1、NpmME8家族的遗传距离明显大于NpmME10、NpmME13、NpmME16家族,在家蚕微孢子虫中也有类似现象,暗示着前两者更为古老。进一步调查NpmMEs在PM-1基因组上的位置发现,NpmMEs转座子偏向于分布在基因侧翼非编码区,无基因内插入偏向;部分NpmMEs序列与基因起始密码子或终止密码子重叠,改变了基因的原有结构。研究结果有助于进一步阐释微孢子虫MITEs转座子的进化起源以及对基因组结构的影响。

关键词  微孢子虫;金凤蝶分离株;家蚕微孢子虫;微型反向重复转座元件;基因组