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  • 国内刊号:CN 32-1115/S
  • 国际刊号:ISSN 0257-4799
  • 主管部门:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会
    中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:李木旺
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蒙古栎叶片的转录组测序及基因功能注释

【期刊年份】2020年第05期
【作者姓名】王国宝1  王勇2  秦利2
【作者单位】1潍坊学院生物与农业工程学院;2沈阳农业大学生物科学技术学院

摘要  蒙古栎(Quercus mongolica)是我国北方阔叶树主要建群种,采用RNA-seq技术对蒙古栎叶片的转录组进行测序。通过Illumina测序平台共获得52 076 914条有效reads,从头组装共得到24 196个UniGene,平均长度为732 bp。根据GO功能注释,共有17 561个UniGene可以注释到分别对应于细胞组分、分子功能、生物学过程的674、1 909、2 842个GO term。KEGG富集分析表明,9 189个UniGene被富集到138条代谢途径,主要包括植物-病原体相互作用、剪接体、内吞、内质网蛋白质加工、植物激素信号转导等。根据eggNOG分类注释结果,19 378个UniGene富集到 25个功能类别中。NCBI_nr库注释结果表明,蒙古栎与核桃(Juglans regia)之间可能存在较近的亲缘关系。研究结果扩充了蒙古栎的基因资源,为进一步挖掘蒙古栎的功能基因信息提供了理论基础。

关键词  蒙古栎; 叶片; 转录组; 从头组装; 功能注释