7种昆虫质型多角体病毒基因组密码对的使用模式分析
摘要 质型多角体病毒(cypoviruses,CPV)是昆虫常见病原微生物。采用生物信息学方法对7种昆虫CPV基因组编码序列进行密码对使用模式分析,探究昆虫CPV基因组特征。分析结果表明:昆虫CPV基因组中密码对的使用是非随机的,密码对组合NNA→ANN、NNG→GNN、NNU→CNN、NNU→UNN中的多数密码对是CPV负偏好性密码对,密码对组合NNA→CNN、NNA→UNN、NNG→CNN、NNU→GNN中的多数密码对是CPV正偏好性密码对;残值最高的10个密码对与残值最低的10个密码对中有4个共用密码子(AAA、AAG、GAU、UAU),进一步说明密码对使用的偏好性;不同CPV间的基因组密码对使用偏好性程度相近,但极端偏好性密码对种类不同。同一电泳型CPV在聚类分析中的距离较近,说明同一电泳型CPV的基因组密码对使用模式相似,并且系统发育分析结果与基于密码对使用模式的聚类分析结果一致,说明CPV基因组密码对使用模式分析可用于研究其基因组进化。昆虫CPV基因组密码对使用具有偏好性,这种偏好性是其基因组特征的一种表现。